יש מחלוקת מהי הגרסה הנכונה בשני פסוקים במגילה: א. "לְהַשְׁמִיד לַהֲרֹג וּלְאַבֵּד" (ח, יא) או "לְהַשְׁמִיד וְלַהֲרֹג וּלְאַבֵּד". ב. "וְאִישׁ לֹא עָמַד בִּפְנֵיהֶם" (ט, ב) או "וְאִישׁ לֹא עָמַד לִפְנֵיהֶם".
הנוסח "לַהֲרֹג" ו"בִּפְנֵיהֶם" הוא הנוסח המקובל במגילות האשכנזיות (גם בימינו), והוא קיבל חיזוק בעקבות מהדורת מקראות גדולות דפוס ונציה רפ"ד-רפ"ו, שנחשבה למהדורה מדויקת ונכתב בה נוסח זה.
אולם על אף שיעקב בן חיים בן יצחק בן אדוניהו, שהכין מהדורה זו, עבד רבות על הנוסח ובהחלט עשה מפעל חשוב, יש לו אלפי שגיאות (ובערוב ימיו הוא התנצר). ואכן, המנחת שי (על הפסוקים הללו) כותב שהנוסח "וְלַהֲרֹג" הוא הנוסח המדויק, וכך כתוב "בכל ספרים כתובי יד ובדפוסים קדמונים", וכך כותב גם על הנוסח "לִפְנֵיהֶם". כך הנוסח גם בכתר ארם צובא (הרב ברויאר, "מקראות שיש להם הכרע", מגדים י, עמ' 97 והלאה).
עם זאת במעשה רב (רמד) כתב שהנוסח הנכון הוא "לַהֲרֹג" (וכאמור זהו הנוסח המקובל במגילות האשכנזיות בימינו).
למעשה, מצד הדין דין לקרוא את הנוסח "וְלַהֲרֹג", "לִפְנֵיהֶם". עם זאת, רבים נוהגים לקרוא את שני הנוסחים (לוח ארץ ישראל). תחילה יש לקרוא (בקול נמוך): "לְהַשְׁמִיד לַהֲרֹג וּלְאַבֵּד", "וְאִישׁ לֹא עָמַד בִּפְנֵיהֶם", ואחר כך לחזור ולקרוא בקול רם את הנוסח הנכון: "לְהַשְׁמִיד וְלַהֲרֹג וּלְאַבֵּד", "וְאִישׁ לֹא עָמַד לִפְנֵיהֶם".
